unix和linux的區別，linux下載TCGA數據,好用的新版TCGA數據下載方法

1，摸索篇：

前幾天開始了解TCGA數據庫，想挖掘一下數據，先根據網上各種教程把你要下載的數據加入”購物車“，然后下載”manifest“，然后用官網推薦的GDC下載。于是我首先下載了linux版本的，結果需要linux庫更新，結果我更新了半天，差點把系統搞崩潰。

unix和linux的區別，2，下載篇：

于是放棄之，用windows版本，最后也一直沒有成功，一直報錯(報錯了才知道是python報錯，原來這個工具是用python寫的？哇，python好強大，更要好好學習之)以為是系統不兼容，在群里問了才知道win10可以用，思來想去，可能是運行目錄是中文目錄，于是改之，可運行了。

3，升級篇：

linux提權、現在可以下載了，可是問題是下載老是中斷，無法忍受了(下載量小的windowns用戶用此方法還是比較實用的)。這個時候看了一個帖子，就是我下載當天發的(太巧了！)于是我按圖索驥，上面介紹用linux命令下載，但是那是個微信帖子(生信人轉載的，感謝)，上面的下載腳本點不開，于是我只好自己弄(后來工作人員給我原文了下載了腳本)。于是我就根據帖子描述的方法，用wget下載：wget：wget?https://gdc-api.nci.nih.gov/data/UUID -O 文件名

UUID和文件名可以根據manifest文件獲取，然后用awk批量生成下載命令，也可使用download.py腳本下載(鏈接：https://github.com/methylation/knowledge?這里的download.py腳本就是下載腳本，另外parse_json.pl 腳本可能有點問題，我試了一下，轉化不了，后面再優化一下腳本看看)

4，鳴謝：

r語言下載tcga數據？感謝@sisigreen?你的堅持讓我有了發帖的動力，后面轉化ID部分還請賜教！謝謝！

版主dachong99留言:

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